از مهیج ترین و علمی ترین بخشهای آزمایشگاه این بخش می باشد. پرسنل مجرب و تیزبین این بخش قادرند انگلهای مختلف را در نمونه های متنوعی چون مدفوع (مانند بسیاری از کرمها و تک یاخته ها)، زخم (مانند سالک وگال و قارچهای مختلف رشته ای ومخمری)، خون (مانند مالاریا) و مایعات بدن (مانند آکانتاموبا و نگلریا درمایع مغزی نخاعی) مشاهده و گزارش نمایند.
نمونه گیری دقیق برای این بخش بسیار حیاتی است که نمونه گیران مجربی در این زمینه در آزمایشگاه دکتر شفیعی مشغول به کارند که نمونه های تهیه شده توسط آنها بسیار مطمئن و قابل ارزشگزاری علمی و فنی است.