در این بخش بررسی و اندازه گیری انواع تومور مارکرهای سرطانی، ویروسهای مختلف نظیر هپاتیت و ایدز، تستهای غربالگری جنین، ویتامینها، مارکرهای بیماریهایی چون آرتریت روماتوئید، سلیاک، بیماریهای تیروئیدی و قلبی و غیره انجام می شود. دستگاه الایزا ریدر Statfax به عنوان خوانشگر نهایی تستهای انجام شده در این بخش مورد استفاده است.
مدیریت آزمایشگاه، حساسیت خاصی بر عدم استفاده از هر نوع تستهای راپید نواری در این بخش داشته، استفاده آنها را به تنهایی برای گزارش نتایج بیماران، تضییع حق الناس می داند.
این بخش هم مانند هورمون شناسی یکی از پر هزینه ترین و درعین حال حساسترین و دقیق ترین واحدهای آزمایشگاه است که قطعاً سرمایه گذاری در آن و توسعه کمی و کیفی آن، از مهمترین اولویتهای آزمایشگاه دکتر شفیعی است.